Rt-PCR实验步骤
一、实验器具与材料：
1、移液枪：1ml、200μl、20μl、10μl、2μl
2、吸头：1ml、200μl、20μl
3、匀浆管：5ml
4、吸头台：放置1ml吸头的一个，放置20μl吸头的一个
5、EP管：1.5ml、0.2ml、100μl
6、试剂瓶：2个60ml的棕色试剂瓶（广口，带盖）
1个125ml的白色试剂瓶（放无水乙醇）
7、量筒：50ml、250ml、500ml
8、容量瓶：250ml、500ml、1000ml
9、试管架：5ml、1.5ml、20μl
10、盐水瓶：250ml、500ml各2个备用，一个装无水乙醇，另一个装DEPC水
11、铝制饭盒：4个
12、塑料小饭盒：1个
13、大瓷缸：2个
14、锡泊纸：一卷
15、卷纸：2卷
16、三角烧瓶：带盖，稍大
二、实验器具的处理与准备
1、塑料制品：（包括枪头、EP管、匀浆管等）
先将DEPC水从容量瓶中倒入瓷缸中，将塑料制品逐个浸泡其中，其中小枪头需要吸管打入DEPC水，过夜，然后高压，再烤干备用，实验前将枪头等放入吸头台，再高压一次（EP管）
2、玻璃制品：泡酸过夜，冲洗干净，蒙锡纸烤干备用（DEPC水泡）（洗净后先泡1‰DEPC过夜，再烤干）
3、匀浆器：（包括剪刀、镊子）先洗净后，再高压（不需要泡DEPC）
三、试剂配制：
1、DEPC水：吸出1ml放在1000ml双蒸水中配成1‰DEPC水，放在1000ml容量瓶中静置4小时备用。
2、75%乙醇：用无水乙醇+DEPC水配，然后放-20℃保存（其中DEPC水需先高压）
3、异丙醇：放入棕色瓶中
4、氯仿：放入棕色瓶中
5、琼脂糖
四、几种缓冲液的配制：
1、电泳缓冲液：
Tris 54g
硼酸 27.5g
0.5M EDTA 20ml？ pH8.0
蒸溜水 1000ml
5×TBE （贮存液）
再将5×TBE稀释10倍成0.5TBE就可以在电泳时使用（即工作液浓度），如取50ml贮存液+450ml水--→500ml工作缓冲液
2、上样缓冲液：
0.25%溴酚蓝
0.25%二甲苯青FF
30%甘油
6×缓冲液，4℃保存
五、琼脂糖凝胶的配制：
1、1.0%：
1.0g琼脂糖+100ml电泳缓冲液，微波炉中火30秒至沸腾，熔化的琼脂物冷却至60℃时加入10mg/ml溴化乙锭2.5μl，充分混匀，将温热的凝胶倒入已置好梳子的胶膜中，在室温下放置30-45min后现进行电泳。
2、1.5%:
同上，将琼脂糖的量改为1.5g
六、需购置的Rt-PCR材料：
Taq酶（含MgCl2 Buffer） 200u
dNTP: 1支
oligo(dT)15: 1 OD promega
M-MLV: 1支 promega (Buffer)
RNasin: 1支
-- -20℃
DEPC 5g 110.00
Trizol 100ml/1瓶 Invitrogen Life technologies
-- 4℃
Marker: 10μg 0.2μg/ml
（1543. 994. 697. 515. 377. 231）
七、引物合成
1、内参照：
GAPDH
正义：5′-ACCACAGTCCATGCCATCAC-3′
反义：5′-TCCACCACCCTGTTGCTGTA-3′
β-actin
正义：5′-CACGATGGAGGGGCCGGACTCATC-3′
反义：5′-TAAAGACCTCTATGCCAACACAGT-3′
2、par-4:
正义：5′-GGGACCTCGGAACTCAAC-3′
反义：5′-TGTATCTGCCTGGGACTG-3′
3、退火温度计算
2（A+T）+4（G+C）
正反义平均数，再上下波动度（±4℃，或±5℃）
4、引物各合成5 OD，每OD一瓶分装好
5、引物稀释：
加DEPC水量为（μl）
= ? nmol / OD × 管上所标OD数×100
是为10p mol / μl 浓度的引物溶液
八、PCR产物电泳
先将1-10μl左右PCR产物，加已点在纸上的溴酸兰，反复吸打混匀后进行电泳，一般电流为10mA，电源100V，电泳30分钟，紫外灯下观察，满意的结果扫描打印。
九、几个注意点：
1、逆转录的关键步骤是立即冰水浴？
2、Rt时，先打开PCR预热30分钟。
3、RNA抽提前，打开离心机预冷。
TRIzol法抽提总RNA
细胞1×107
组织100mg
↓
加1mlTRIzol
细胞用1ml加样器吹至液体澄清且无细胞团块
↓ 匀浆（要彻底，后转至EP管）
（组织匀浆量>100mg时分装1ml/每EP管）
↓ 颠倒混匀10下，室温5分钟
↓
加氯仿1/5体积（0.2ml）（必须按总体积的1/5）
↓ 颠倒混匀10下，室温5分钟
↓ 4℃，离心12000g，15分钟
↓ 转上层水相（约400μl）于另一1.5mlEP管中
↓ 加等体积异丙醇（约400μl），混匀室温10分钟
↓ 4℃，离心12000g，10分钟
↓ 弃上清
↓ 加冰预冷的75%乙醇（用DEPC水配）1ml
↓ 4℃离心7500g，5分钟
↓ 弃上清，空气干燥5-10分钟（不能完全干燥）
↓ 溶于DEPC水中至20μl（10μl-20μl）
（可在55-60℃水中，<10分钟助溶）
注：
1、RNA若用于核酸转移应溶解于样本缓冲液中，否则DEPC溶解
2、细胞组织加TRIzol匀浆后，可在-60℃放置至少一个月（甚至可一年以上）
3、RNA在75%乙醇中，2-8℃至少可保存一周，-20℃至少可保存一年
两步法RT-PCR
（第一步：逆转录反应）
试剂 浓度 体积 终浓度
RNA 23μl(11.5μl)
Oligo(dT)15 0.05μg/μl 4μl(2μl) 0.005μg/μl
（稀释10倍后用）
↓ 混匀，离心，70℃ 5min
↓立即冰水浴，稍离心
↓ 试剂 浓度 体积 终浓度
M-MLV Buffer 5× 8μl (4μl) 1×
dNTP 10mM 2μl (1μl) 0.5mM
RNasin 40U/μl 1μl (0.5μl) 20μ
M-MLV 200U/μl 2μl (1μl) 200U
总体积40μl（20μl）
↓
混匀，离心，42℃ 60min
↓
95℃ 10min（破坏MLV）
↓
4℃保存
两步法RT-PCR
（第二步：PCR反应）
总体积20μl(50μl)
试剂 浓度 体积 终浓度
Taq Buffer 10× 2μl (5μl_) 1×
MgCl2 25mM 1.2μl (3μl) 1.5mM
dNTP 10mM 0.2μl (0.5μl) <200uM
上游引物 10pmol/μl 0.3μl (1μl) 10pmol
下游引物 10pmol/μl 0.3μl (1μl) 10pmol
cDNA模板 X (?) (1-10μl)
DEPC水 20μl-4.3μl-X
Taq酶 2.5U/μl 0.3μl (1μl) 2.5U/μl
↓
混匀
97℃，5分钟
↓
立即冰水浴
↓
混匀
↓
95℃ 5分 预变性
94℃ 30秒 变性
X℃ 40秒 退火
72℃ 30秒 延伸
72℃ 7分 终末延伸
28-36循环，4℃保温
三、电泳：
加1-10μl PCR产物+溴芬兰（1-2.5μl）混匀，加样，电泳。
注意：Taq酶、M-MLV、Rnasin等-20℃保存，操作时置于冰上。DNTP勿反复冻融。
| 
